La Nave delle Machines de l'Île non ha sempre ospitato animali da rottamare. In origine si trattava dei Chantiers Dubigeon, un'antica azienda di costruzioni navali di Nantes fondata nel 1760 e chiusa nel 1987. Nel XVIII secolo, Nantes era il principale porto commerciale della Francia, una gloria cupa dovuta in parte al "commercio triangolare" e alla "tratta degli schiavi" che faceva prosperare gli armatori. Dopo essersi convertiti alla costruzione di sottomarini durante la Seconda guerra mondiale, i cantieri Dubigeon hanno cessato ogni attività nel 1987. L'autorità locale si è quindi impegnata a preservare la memoria della cantieristica navale a Nantes, in particolare riacquistando una delle imponenti gru gialle del cantiere, che ora si trova sull'Ile de Nantes come simbolo e testimonianza del passato.
All'inizio degli anni Duemila, nell'ambito del rinnovamento urbano dell'Île de Nantes, François Delarozière, creatore di alcune delle macchine utilizzate negli spettacoli della società Royal de Luxe, che lavora a Nantes dagli anni Novanta, e Pierre Orefice delle associazioni Manaüs, si sono rivolti alla città con la proposta di sviluppare un progetto turistico sull'isola: "Les Machines de l'île", che oggi è diventato l'attrazione di punta della città.
