Il museo ospita la collezione di un archeologo peruviano che ha dedicato la sua vita alla ricerca di siti e oggetti risalenti a civiltà passate. Rafael Larco Hoyle è riuscito non solo a stabilire una cronologia delle culture preincaiche attraverso le sue collezioni, ma anche ad analizzarle. Ha studiato i vari aspetti della cultura Moche, tra cui l'architettura, la religione, l'arte e la sessualità, temi che si ritrovano anche negli oggetti del museo.
Originario di Trujillo, l'archeologo ha ospitato le sue scoperte nella casa di famiglia, che già ospitava una collezione di 600 pezzi appartenente al padre, ex primo vicepresidente del Perù. Nel 1958, la collezione di 45.000 pezzi fu trasferita nel quartiere Pueblo Libre di Lima e l'archeologo chiamò il sito Museo Arqueológico Rafael Larco Herrera, in onore del padre. Lo stile dell'edificio, una casa coloniale del XVIII secolo con pareti bianche, giardini alberati e piante colorate, è stato progettato per riflettere lo spirito dell'hacienda di famiglia a Trujillo.